Análises de WGCNA foram conduzidas utilizando amostras temporais de RNA-Seq de Yucca filamentosa, alinhadas ao genoma CDS (incluindo isoformas) por meio do Kallisto. Os valores de TPM de todos os genes e suas respectivas isoformas foram agregados. Em seguida, a matriz foi normalizada utilizando o método TMM. Por fim, aplicou-se um filtro para remover genes com valores inferiores a 5 em todas as amostras, reduzindo o número de genes de 45250 para 25726 genes.

Article

RNAseq

Genome


Samples ID

Abaixo estão os IDs completos e abreviados de cada amostra, com o objetivo de facilitar a visualização dos resultados. Em alguns gráficos, os IDs podem não incluir o número da replicata, indicando que o resultado representa a média das replicatas.


Irrigated


Drought


Cluster Dendrograms for Outlier Detection and Removal


As amostras Yf_D_S02.5h_R3, Yf_D_S01.1h_R3, Yf_D_S03.9h_R3 e Yf_D_S04.13h_R4 são claramente outliers e serão removidas.



Soft Threshold (Power)

O valor de Soft Threshold Power utilizado nesta análise foi de: 26


Gene clustering


Cluster Dendrogram with module colors

## Total de genes: 25726
## Genes agrupados em módulos: 16838
## Genes não agrupados: 8888

Heat map WGCNA

Heat map WGCNA Filtered

O heatmap abaixo foi gerado a partir do heatmap anterior, que passou por um tratamento específico de filtragem no script. Nesse processo, foram filtradas as interações com correlações (Corr) altamente positivas ou negativas, bem como valores de significância ideais (p-value). Os critérios de corte utilizados foram os seguintes:

  • Corr: ≥ 0,5 ou ≤ -0,5
  • p-value: < 0.05

Os módulos que não atenderam a esses critérios foram removidos, garantindo que apenas as interações mais relevantes fossem exibidas no heatmap.

Clique Percolation Method (CPM)


Rede de módulos da Yucca aloifolia (CAM)

##     k Intensity Number.of.Communities Number.of.Isolated.Nodes Ratio.Threshold Chi.Threshold
## 42  3    0.7795                    12                       61        3.000000     0.1482495
## 43  3    0.7790                    12                       61        3.000000     0.1450585
## 44  3    0.7785                    12                       61        3.000000     0.1450585
## 45  3    0.7780                    12                       61        3.000000     0.1450585
## 46  3    0.7775                    12                       61        3.000000     0.1450585
## 32  3    0.7845                    12                       64        2.625000     0.1455729
## 33  3    0.7840                    12                       64        2.625000     0.1455729
## 34  3    0.7835                    12                       64        2.625000     0.1455729
## 35  3    0.7830                    12                       64        2.625000     0.1455729
## 529 4    0.7365                    11                       40        2.000000     0.2355025
## 511 4    0.7455                    11                       48        1.882353     0.2471328
## 512 4    0.7450                    11                       48        1.882353     0.2471328
## 513 4    0.7445                    11                       48        1.882353     0.2471328
## 514 4    0.7440                    11                       48        1.882353     0.2471328
## 515 4    0.7435                    11                       48        1.882353     0.2471328
## 516 4    0.7430                    11                       48        1.882353     0.2471328
## 517 4    0.7425                    11                       48        1.882353     0.2471328
## 518 4    0.7420                    11                       48        1.882353     0.2471328
## 40  3    0.7805                    11                       61        3.000000     0.1683903
## 41  3    0.7800                    11                       61        3.000000     0.1683903
## 39  3    0.7810                    11                       62        3.000000     0.1619279
## 38  3    0.7815                    11                       63        2.875000     0.1619279
## 36  3    0.7825                    11                       64        2.750000     0.1658601
## 37  3    0.7820                    11                       64        2.750000     0.1619279
## 31  3    0.7850                    11                       66        2.625000     0.1658601
## 28  3    0.7865                    11                       69        2.500000     0.1658601
## 29  3    0.7860                    11                       69        2.500000     0.1658601
## 677 4    0.6625                    10                       13        2.310345     0.5541200
## 678 4    0.6620                    10                       13        2.310345     0.5541200
## 679 4    0.6615                    10                       13        2.310345     0.5541200
## 
## Results of clique percolation community detection algorithm
## 
## --------------------
## 
## User-specified Settings
## 
## method = weighted 
## k = 4
## I = 0.661
## 
## --------------------
## 
## Results
## 
## Number of communities: 10 
## Number of shared nodes: 25 
## Number of isolated nodes: 13 
## 
## --------------------
## 
## --------------------
## Communities (labels as identifiers of nodes)
## --------------------
## 
## Community 1 : GM001 GM002 GM003 GM004 GM005 GM006 GM011 GM024 GM025 GM026 GM027 GM030 GM033 GM034 GM035 GM036 GM037 GM038 GM039 GM040 GM041 GM042 GM043 GM044 GM045 GM046 GM047 GM048 GM049 GM050 GM051 GM052 GM053 GM054 GM055 GM056 GM057 GM058 GM059 GM060 GM062 GM063 GM064 GM065 GM066 GM067 GM068 GM069 GM070 GM071 GM073 GM083 GM084 GM085 GM087 GM088 GM089 GM090 GM091 GM092 GM093 GM094 GM098 GM099 GM101 GM102 GM106 
## Community 2 : GM020 GM023 GM070 GM071 GM072 GM073 GM074 GM075 GM076 GM077 GM079 GM080 GM081 
## Community 3 : GM002 GM004 GM007 GM009 GM010 GM011 GM013 GM014 GM015 GM016 GM017 GM018 GM021 GM022 GM065 GM108 GM109 GM110 GM111 GM112 GM113 GM114 GM115 GM116 GM117 GM118 GM119 GM120 GM121 
## Community 4 : GM088 GM089 GM095 GM096 GM101 
## Community 5 : GM044 GM099 GM100 GM104 
## Community 6 : GM095 GM096 GM100 GM112 
## Community 7 : GM089 GM095 GM097 GM098 
## Community 8 : GM019 GM020 GM021 GM116 
## Community 9 : GM076 GM077 GM078 GM079 
## Community 10 : GM020 GM021 GM022 GM023 
## 
## 
## --------------------
## Shared nodes (labels as identifiers of nodes)
## --------------------
## 
## GM002 GM004 GM011 GM020 GM021 GM022 GM023 GM044 GM065 GM070 GM071 GM073 GM076 GM077 GM079 GM088 GM089 GM095 GM096 GM098 GM099 GM100 GM101 GM112 GM116 
## 
## 
## --------------------
## Isolated nodes (labels as identifiers of nodes)
## --------------------
## 
## GM008 GM012 GM028 GM029 GM031 GM032 GM061 GM082 GM086 GM103 GM105 GM107 NA


Tamanho das comunidades

Os números indicam as comunidades, e o tamanho dos círculos reflete o número de módulos em cada comunidade, ou seja, círculos maiores correspondem a comunidades que contêm mais módulos. Além disso, as arestas que conectam os módulos mostram o nível de correlação entre eles, variando em largura e intensidade de cor.


Rede dos módulos em comunidades

As cores no gráfico representam comunidades de módulos com alta correlação entre si. Esta rede é ponderada, ou seja, as arestas conectando os módulos indicam o nível de correlação entre eles, variando em largura e intensidade de cor conforme a força da correlação.

Os módulos isolados, que não foram agrupados em nenhuma comunidade, são representados pela cor branca.

## Warning in qgraph::qgraph(W, DoNotPlot = TRUE): Some labels where not
## abbreviatable.
## Warning in qgraph::qgraph(qgraph::getWmat(W), pie = node_split, pieColor =
## colors_nodes, : Some labels where not abbreviatable.