Análises de WGCNA foram conduzidas utilizando amostras temporais de RNA-Seq de Yucca filamentosa, alinhadas ao genoma CDS (incluindo isoformas) por meio do Kallisto. Os valores de TPM de todos os genes e suas respectivas isoformas foram agregados. Em seguida, a matriz foi normalizada utilizando o método TMM. Por fim, aplicou-se um filtro para remover genes com valores inferiores a 5 em todas as amostras, reduzindo o número de genes de 45250 para 25726 genes.
Article
RNAseq
Genome
Abaixo estão os IDs completos e abreviados de cada amostra, com o objetivo de facilitar a visualização dos resultados. Em alguns gráficos, os IDs podem não incluir o número da replicata, indicando que o resultado representa a média das replicatas.
Irrigated
Drought
As amostras Yf_D_S02.5h_R3, Yf_D_S01.1h_R3, Yf_D_S03.9h_R3 e Yf_D_S04.13h_R4 são claramente outliers e serão removidas.
O valor de Soft Threshold Power utilizado nesta análise foi de: 26
## Total de genes: 25726
## Genes agrupados em módulos: 16838
## Genes não agrupados: 8888
O heatmap abaixo foi gerado a partir do heatmap anterior, que passou por um tratamento especÃfico de filtragem no script. Nesse processo, foram filtradas as interações com correlações (Corr) altamente positivas ou negativas, bem como valores de significância ideais (p-value). Os critérios de corte utilizados foram os seguintes:
Os módulos que não atenderam a esses critérios foram removidos, garantindo que apenas as interações mais relevantes fossem exibidas no heatmap.
## k Intensity Number.of.Communities Number.of.Isolated.Nodes Ratio.Threshold Chi.Threshold
## 42 3 0.7795 12 61 3.000000 0.1482495
## 43 3 0.7790 12 61 3.000000 0.1450585
## 44 3 0.7785 12 61 3.000000 0.1450585
## 45 3 0.7780 12 61 3.000000 0.1450585
## 46 3 0.7775 12 61 3.000000 0.1450585
## 32 3 0.7845 12 64 2.625000 0.1455729
## 33 3 0.7840 12 64 2.625000 0.1455729
## 34 3 0.7835 12 64 2.625000 0.1455729
## 35 3 0.7830 12 64 2.625000 0.1455729
## 529 4 0.7365 11 40 2.000000 0.2355025
## 511 4 0.7455 11 48 1.882353 0.2471328
## 512 4 0.7450 11 48 1.882353 0.2471328
## 513 4 0.7445 11 48 1.882353 0.2471328
## 514 4 0.7440 11 48 1.882353 0.2471328
## 515 4 0.7435 11 48 1.882353 0.2471328
## 516 4 0.7430 11 48 1.882353 0.2471328
## 517 4 0.7425 11 48 1.882353 0.2471328
## 518 4 0.7420 11 48 1.882353 0.2471328
## 40 3 0.7805 11 61 3.000000 0.1683903
## 41 3 0.7800 11 61 3.000000 0.1683903
## 39 3 0.7810 11 62 3.000000 0.1619279
## 38 3 0.7815 11 63 2.875000 0.1619279
## 36 3 0.7825 11 64 2.750000 0.1658601
## 37 3 0.7820 11 64 2.750000 0.1619279
## 31 3 0.7850 11 66 2.625000 0.1658601
## 28 3 0.7865 11 69 2.500000 0.1658601
## 29 3 0.7860 11 69 2.500000 0.1658601
## 677 4 0.6625 10 13 2.310345 0.5541200
## 678 4 0.6620 10 13 2.310345 0.5541200
## 679 4 0.6615 10 13 2.310345 0.5541200
##
## Results of clique percolation community detection algorithm
##
## --------------------
##
## User-specified Settings
##
## method = weighted
## k = 4
## I = 0.661
##
## --------------------
##
## Results
##
## Number of communities: 10
## Number of shared nodes: 25
## Number of isolated nodes: 13
##
## --------------------
##
## --------------------
## Communities (labels as identifiers of nodes)
## --------------------
##
## Community 1 : GM001 GM002 GM003 GM004 GM005 GM006 GM011 GM024 GM025 GM026 GM027 GM030 GM033 GM034 GM035 GM036 GM037 GM038 GM039 GM040 GM041 GM042 GM043 GM044 GM045 GM046 GM047 GM048 GM049 GM050 GM051 GM052 GM053 GM054 GM055 GM056 GM057 GM058 GM059 GM060 GM062 GM063 GM064 GM065 GM066 GM067 GM068 GM069 GM070 GM071 GM073 GM083 GM084 GM085 GM087 GM088 GM089 GM090 GM091 GM092 GM093 GM094 GM098 GM099 GM101 GM102 GM106
## Community 2 : GM020 GM023 GM070 GM071 GM072 GM073 GM074 GM075 GM076 GM077 GM079 GM080 GM081
## Community 3 : GM002 GM004 GM007 GM009 GM010 GM011 GM013 GM014 GM015 GM016 GM017 GM018 GM021 GM022 GM065 GM108 GM109 GM110 GM111 GM112 GM113 GM114 GM115 GM116 GM117 GM118 GM119 GM120 GM121
## Community 4 : GM088 GM089 GM095 GM096 GM101
## Community 5 : GM044 GM099 GM100 GM104
## Community 6 : GM095 GM096 GM100 GM112
## Community 7 : GM089 GM095 GM097 GM098
## Community 8 : GM019 GM020 GM021 GM116
## Community 9 : GM076 GM077 GM078 GM079
## Community 10 : GM020 GM021 GM022 GM023
##
##
## --------------------
## Shared nodes (labels as identifiers of nodes)
## --------------------
##
## GM002 GM004 GM011 GM020 GM021 GM022 GM023 GM044 GM065 GM070 GM071 GM073 GM076 GM077 GM079 GM088 GM089 GM095 GM096 GM098 GM099 GM100 GM101 GM112 GM116
##
##
## --------------------
## Isolated nodes (labels as identifiers of nodes)
## --------------------
##
## GM008 GM012 GM028 GM029 GM031 GM032 GM061 GM082 GM086 GM103 GM105 GM107 NA
Os números indicam as comunidades, e o tamanho dos cÃrculos reflete o número de módulos em cada comunidade, ou seja, cÃrculos maiores correspondem a comunidades que contêm mais módulos. Além disso, as arestas que conectam os módulos mostram o nÃvel de correlação entre eles, variando em largura e intensidade de cor.
As cores no gráfico representam comunidades de módulos com alta correlação entre si. Esta rede é ponderada, ou seja, as arestas conectando os módulos indicam o nÃvel de correlação entre eles, variando em largura e intensidade de cor conforme a força da correlação.
Os módulos isolados, que não foram agrupados em nenhuma comunidade, são representados pela cor branca.
## Warning in qgraph::qgraph(W, DoNotPlot = TRUE): Some labels where not
## abbreviatable.
## Warning in qgraph::qgraph(qgraph::getWmat(W), pie = node_split, pieColor =
## colors_nodes, : Some labels where not abbreviatable.